旧日本海軍の場合、1年から2年程度で交代することが多いようです。ただ、極端な場合、数日で変更になったり、2年以上、同一艦で勤務したりする場合もあり、1年というスパンが明文化されているわけではないようです。そして、これは、艦長以外の各種長においても同様です。ただ、姉妹艦同士の間で交代することも多く、一定の配慮がなされているように思えます。
　艦隊編制は、概ね、平時においては11月か12月に実施されており、その際に艦長等の幹部変更がなされ、その後、各艦で錬成、さらに、隊、戦隊、艦隊と練度を挙げるというのが一般的ですので、結果的に、1年ごとに交代になるということが多いのだろうと思います。
　また、これは、海上自衛隊も同様であり、他の国でもそうでありますが、イギリスやドイツ等では、戦時中だけのことかもしれないものの、休暇中だけ艦長が変わるケースがあるようで、同一人物が一定期間を置いて同一艦の艦長になることがあります。特に、マルタに配備された第10潜水戦隊の場合は、予備の艦長がいて、定期的に交代しておりますが、これがイギリス海軍全体の慣行であるかどうかは分かりません。
　御質問は、これで不都合が生じるかどうかですが、門外漢ですので、実際面については存じないものの、これが恒常的に行われていることを考えると、それはなかったのではないかと愚考致しております。
　

hush

艦長に限らず、士官（幹部自衛官）は人を動かすのであり、艦を動かすのは下士官兵（海曹士）です。
確かに交代直後の艦長は艦に不慣れですが、各分野の不安要素に対しては各パートの上級・中級の海曹がバックアップする態勢が確立されています。
また、基本的には船務長や砲雷長を経験した運航幹部が艦長になるので、全くの素人と言う訳でもありません。

戦時の人員損耗を考えると艦長経験者を一定数確保する必要がありますが、毎年一定数の退職者がいて、毎年一定数の新任幹部がいることを考えれば、限られた隻数の艦艇に限られた人数の艦長が長年勤務するより、１〜２年で交代させていく方が合理的ではないかと思います。
YK