乱暴な解を言えば「上級の指令に従う」。要はその情勢時の政府の方針で、二国間関係によらずあらゆる可能性が出てしまうでしょう。

普通の回答の一つとして実例を挙げるなら、ソ連軍はベルリン進攻時、日本領事館を保護したそうです。
だー

このジュネーヴ条約追加議定書、特に第50条、51条、それに61条以下に、何れのケースであっても非戦闘員（文民）に対してどのような対応取るべきかという国際法上の原則が示されておりますので。
ま、非戦闘員+戦時国際法といったような基本的なキーワードの組合せで検索していけば、大した時間もかけないで検索できるんだけどねえ。後は貴方様の日本語読解能力次第だね。
http://www.mofa.go.jp/mofaj/gaiko/treaty/pdfs/treaty159_11a.pdf
アリエフ

　文民は保護しなくちゃならないということは、>2　でアリエフさんがおっしゃっている通りですが、占領地に対しては占領軍による軍政が引かれることが多いでしょう（現地政府機関の存続を認めてもかまいませんが、その場合でも占領軍の指示が優先されることになるでしょう）。
　占領軍は占領地の治安維持や占領地住民の保護義務を負いますが、他方軍政に必要な範囲で、占領地住民に命令を下すことも可能です。
　したがって、敵国人（その国に駐在する他の敵国人を含む）や中立国民、あるいは敵国にいる自国民間人を問わず、その行動を制限することは（軍事面も含めた合理的な理由がある範囲で）可能です。
　
　この場合中立国人と敵国人（その国に駐在する他の敵国人を含む）の違いは、中立国人は中立国政府の保護下にあり、過剰な規制は中立国政府の抗議を受ける（そして場合によっては中立国が敵国に回りかねない）という点でしょう。

　外交官（家族等も含みます）ですが、敵国外交官に対しては国外退去を求めるのが慣習的処置ですが、退去が困難な場合は行動制限の上、保護することになります。
　中立国外交官については、退去を求められるか、現地に止まり自国民保護のための領事業務が継続できるかは、中立国と占領国との交渉の問題になるでしょう。

　３の「国交がない」ですが、通常の国交断絶ですと、外交官に対しては国外退去を求めることになるでしょう。国交断絶ではなく、国家としての承認をおこなっていない場合ですと、外国人民間人と同じ扱いにするか、外交官に準じた者と認めるかは占領国の判断によるでしょう。（たとえば日本と公式外交がない国家といっても、朝鮮民主主義人民共和国やら、中華民国やら、パレスチナやら、いろいろありますよね。）
カンタニャック