すいません、「舷側（艦尾）排気」というのは「艦尾排気も含む」の意味です。舷側＝艦尾、という意味ではありません。
satoski

排気口は大きな開口部なので低い所に有ると荒天時や傾斜時に船体内部に大量に浸水し易いからじゃないでしょうか
駄レス国務長官

　舷側排気はいくつかの問題点があります。舷側が汚れやすい、煙路が短すぎて排気効率が下がる場合がある、そして、舷側に開口部があるので、浸水時に不利であるという点です。また、艦艇の場合、攻撃を受けた際に弱点になる可能性もあります。
　特に、海上保安庁のはてるま級巡視船の場合、開口部が甲板に近いので、煙が上がってきて不評だと聞いております。しかも、船体塗色が白ですので、一航海ごとに舷側を洗う必要が生じるようです。次級から煙突配置に戻したのも、仕方がないことかもしれません。
　もちろん、仰られるような利点もあるので、搭載する機関との兼ね合いもありますが、弱点を克服するような設計をすればよいのでしょうが。
　
hush

舷側排気は排気ガスが海水と混じり環境汚染になるのがデメリットです。
マルヤ

後方ではなく舷側排気の場合、排煙が側面に排出されることになりますが、桟橋が足りずにいわゆるメザシ係留を行うともろに僚艦に排煙を向けることになります。
救助や立ち入りなどのために接舷の機会が多い巡視船でも相手に高温の排煙を振りまくのは不味いでしょう。
後任伍長

皆様書き込みありがとうございました。
ご教示頂いたデメリットの中にはこれまで意識していなかった観点もあり、大変勉強になります。
これらデメリットの回避を考えると、新たな解決策を用意するより、枯れた技術である煙突で無難・確実に対応することを選ぶのがよく理解できました。
satoski