第一に獲物が少なかったという点があげられるでしょう。独ソ戦においてはドイツの侵攻は陸上からですので、洋上を航行する船が少なかったのです。これが、海上交通に依存する部分多いイギリスや日本の場合ですと致命的ですが、ドイツから陸地続きで物資を輸送できますし、保有する船舶も少ないのです。
　その上、バルト艦隊の潜水艦は、ドイツ軍の進撃により基地を失ってレニングラードに閉じ込められますが、そこへドイツは広大な防潜網を築いて閉じ込めを図りました。そして、これは有効に作動したようで、突破しようとしたソ連潜水艦はことごとく沈められています。もっとも、ソ連は、第2次大戦中に267隻の潜水艦を保有していますが、うち111隻は小型のM型です。たとえ突破できても、長期間の行動はできなかったと思われます。
　
hush

詳細はよく知りませんが、黒海とかで戦っていますね。Wikiでも見て下さい。
暇人

>2
　黒海艦隊の潜水艦は、主要基地のセヴァストポリの陥落後、あまり活動していませんが。
　
hush

>3
陥落前に大きくはなくとも戦果をあげている様でしたので、活用しなかった訳でもないのでは？と質問者様に書きました。
暇人

>1　バルト海で獲物が少ないというのは幾ら何でもおかしいでしょう。ドイツにとって一つの生命線ではありませんか。
ＢＵＮ

>5
　御指摘ありがとうございます。
　私としては、日英のそれに比べるとの意味で書いていたのですが、スカンディナヴィア侵攻の直前、ドイツは年間約1500万t必要とされた鉄のうち、1100万tをスウェーデンからの輸入に頼っております。うち、冬季はバルト海が氷結するので、ナルヴィクからスカゲラック海峡経由で入れておりますが、それを「少ない」と書いてしまうのは、たしかに仰られる通りかと思っております。
　したがって、ソ連海軍が独ソ戦の初期においてうまく「活用」できなかった理由としては、ふさわしくなく、むしろ、潜水艦が小型に過ぎたことのほうが大きいと思われます。
　ともうしますのは、主力になりましたM（マリュトカ）型潜水艦は排水量わずか100tから200tであり、魚雷も2-4本しか搭載できませんでした。ただ、バルト海と黒海に集中的に配備された同型も、浅海面でもあり、使い方によっては活躍できたのではないかと考えております。
　しかし、戦前に行われた大粛清により、陸軍にしてもそうですが、使える指揮官が非常に少なくなっておりました。このため、未経験の者でも指揮官に任じていった関係で、艦長クラスで有能な人物があまりいなかったのです。多分、御質問に対する回答としては、これが一番いいのではないかと思っております。

　ところで、この掲示板は書きこまれた日が出てまいりませんので、御指摘戴いたのがいつか分かりません。最近、体調がよろしくないのと、割と忙しかったので、下までスクロールすることがありませんでした。そのような事情で気付くのが随分と遅れているかもしれません。その場合は、非常に申し訳なく思っております。
　
hush