実例をあげての回答でないので申し訳ないですが、もう少しイメージをはっきりさせてから質問された方がよろしいかと。

　戦艦でも２等輸送艦でも同じ艦長です。

　また、直接、の意味ですが、艦長がブリッジを離れて、例えば艦尾の銃座まで行って督励することは無いでしょう。

　一方対空護衛艦の艦長が、伝声管あるいは艦内無線等を使用し、現場指揮官に指示、激励をする事は十分ありうるでしょうね。
ＷＴＭ

出典の艦長は大戦中の艦長より暇なんじゃないでしょうか？

帝国海軍の場合、複数機の敵機に対しては防空指揮所とかに上がって被弾しない様に操舵の指示をするので忙しかった様に見えますが。又、厚い薄いですが、指揮されて射撃する訳ですから、指揮が悪いか砲側に問題が無い限りそんなに差が出ないかと思います。
通行人

艦橋と一体に銃座を設けたタイプの潜水艦であれば、艦長が直接激励するのは極普通の事ですが、激励文句についての御質問でしたら分かりかねます。
しゃるほ

　空襲が一段落してから「何だ、その撃ち方は、もっと腰を据えて撃て」と叱責したら、その後からはよく打ち落とすようになったとの例はありますね。（伊勢艦長・中瀬少将の証言）
　詳しい方法までは分りませんが、放送でもしたのかな？
　また、この方が同証言で仰るには、日清戦争の黄海海戦時に当たらない主砲に業を煮やした艦長が怒鳴りつけたら当たるようになったとの事例があったとの事です。
tomo