外板に三次元曲面が多くなるので、製造工程は間違いなく増えます。

スピットファイアや九九艦爆は大量生産されているので質問者様の疑問はもっともです。
一方でHe111は生産性を理由に後期型から楕円翼からテーパー翼に変更しています。
しかしなぜか尾翼は楕円のままなのです。

世傑スピットファイアによれば、「生産性という面では、立ち上がりは苦労するが、いったん治具を作ってしまえば、それほど大きな問題ではない。」だそうです。
この「立ち上がりの苦労」がかなりのリスクで、スピットファイアは実際に量産が軌道に乗るまで遅れています。
純粋な民間機では初期投資がかさむことになります。
超音速

逆説的ですが直線あるいは円形が作りやすく精度も出しやすいからです
例にされたストリンガーを曲げてでいうと楕円に曲げないなければ計算上と凸凹が生じます、この楕円に曲げる工程の有無だけでも面倒さが加わるのが理解できるかと思います
tu

治具の用意や精度の問題は何となく理解出来ました。完成後の検査にしても、曲線よりも直線の方が人間の目で見て分かりやすいですね。

現在楕円翼が絶滅状態なのは、　楕円翼製造用の初期投資、または製作工程での精度の事まで考えると、テーパー翼として設計してしまった方が良いと理解しました。

ありがとうございます
ナロー

製造面以外に廃れた理由を挙げますと
楕円翼特有の理想的な特性も実用化の過程で一部捨てざるを得ない事でしょうか
https://en.m.wikipedia.org/wiki/Elliptical_wing
スピットファイアも妥協した楕円翼です
現代のコンピューター解析で設計すれば最適化した楕円翼が出来るのかも知れませんが大量生産の宛てもないでしょうから結局はコスト高ですね

揚力分布と揚力係数の分布
http://www5b.biglobe.ne.jp/~mmizu_hm/house_011.htm

確かテンペストだったと記憶するのですが
なぜ楕円翼を採用したのか、(たぶん戦後に)聞かれた設計関係者がこう答えたとか
スピットファイアに似ていない戦闘機など、空軍は採用しなかっただろう
ガス欠