最大の理由は飛行性能への影響です。
見た目上は主翼下などに爆弾架を設けるなどで搭載数を増やせそうに見えます。
重さは同じでも大型爆弾1発と中型爆弾複数では空気抵抗がずっと大きくなる。また、爆弾架を増やすには強度の確保が必要で、従って重くなる。重心から離れた位置ほどその傾向が強くなる。これによる性能への影響が当時の単発機ではかなり大きくなります。
25番3発が必要な出撃はそれほど多くないため、その時は機数を増やせばよい。そもそも空母の爆弾庫の容量も限られている。
性能低下がないよう要求仕様を決められたわけです。

陸攻はもっと多様な搭載ができるようになってまして、九六陸攻は25番×2＋6番×8発という搭載が可能です。
超音速

25番2発に対戦爆弾３発積んだとかの情報も見ます。

ハードポイントの強度と長さの関係でしょう。
プロペラ後流の影響から機体右側にハードポイントを着けた結果かと。
左側にもハードポイントが有れば、爆弾に限ってはいけたかと。

某知恵袋で興味深い意見が有ります。
検索して、是非とも御覧有れ。

そこでは、これで良しとしたからこうなった的な結果でした。
暇人

結局の所、機体、主翼の強度面で「積まない」というより「積めない」
という事だと思います。
　
私もミリタリーに興味をもった小学生の頃から気になってた事でして、
「800kg１発に対して500kg１発、250kg２発、60kg６発・・なら絶対
800kg１発積む方が得だよな。」などと、強度、飛行性能完全無視で
そう思ってた頃がありました。
（そんな中、一式陸攻の「250kg×４」というのが凄く魅力的に見えた）
　
また、爆弾の長さの関係も「積めない」といえると思います。
ざっと調べても60kgが1.1m、250kgが1.8m、500kgが2mちょい、800kgが
2.3〜2.8mほどでして、重さの差ほど「短くない」のが分かります。
そう考えると、主翼下や根元、機体後部に250kgを付けられない限りは
「機体の三座の下部」に２発、というのが限界なんでしょうね。
ジョナサン2