搭載量の問題ではなく、機内容積の問題と思います。
B-29は機密室内の容積がぐっと小さくなります。
B-29の爆弾倉は気密室外にあるのですが、そこにまで人間を詰め込もうと思ったりしない限り、旅客機としても使える二式大艇の方が人を多く乗せられるはずです。
片

質問の意図、意義が理解できません。失礼ながら無意味な質問です。
二式大艇と比較するならＰＢ２Ｙコロネード、Ｂ−２９と比較するなら連山ではないでしょうか。

敢えて回答するなら、二式輸送飛行艇　晴空は乗員９名、最大乗客６４名、ソ連版Ｂ−２９ツポレフＴｕ−４の旅客機型Ｔｕ−７０は乗員６名、最大乗客７２名です。
三角野郎