ドイツ軍はWWIIで、Jumo207Aという2ストロークディーゼルを搭載したユンカースJu86Pを実戦に使用しました。
また戦後の英国で、ネイピア・ノーマッドという2ストロークディーゼルが試作され、アヴロ・リンカーンやアヴロ・シャクルトンに搭載のうえ試験飛行されました。
当HPから参考資料→航空エンジン一覧に進んで見てください。
各国にいくつかの2ストロークエンジンの例があることがわかります。

超音速

消音器付き軍用機の代表格はロッキードYO-3でしょう
http://www.wmof.com/yo-3a.htm

エンジンから尾翼近くまである長大なマフラーが目立ちました。
また、減速ギアの騒音と振動を嫌ってプロペラをベルト駆動していました。
わんける