すぐ思いつくのはガスを極端に薄くしてシリンダーを過熱させるか、逆に濃くしてカブらせるかではないでしょうか。
もちろんカウルフラップも併用できます。
わんける

キャブレター等の構造にもよりますが、マイナスＧ旋回を持続すれば大抵のエンジンは停止してしまうと思いますよ。

機体の方にトラブルを起こしたいなら、急降下制限速度を無視するとかはどうでしょう。もちろん生還は保障できません。
みいつ

　急旋回して失速→スピン
・急上昇して失速
・高速飛行中にフラップをいきなりフルダウンさせて風圧でフラップを壊す
・高速飛行中にいきなり着陸脚を出して風圧で壊す
・急降下制限速度以上の速度で急降下するか海面高度を制限速度以上の速度で飛行してフラッター発生→どこかが壊れる
・ガスやエンジンカウルを調整してエンジンをオーバーヒートさせる
・燃料を放出してガス欠
・雲に突っ込んで翼前縁に着氷させて失速
・乱気流に突入
・積乱雲の上に行き、上昇気流で一気に成層圏まで持ち上げられて酸欠
・ジェットエンジンならスロットルをいきなり全開にしてエンジン火災を発生させる（←これって何が原因なんですか？）
・後部銃座から垂直尾翼を『誤射』
・『誤操作』して「うわーっ、爆弾落としちまったぁ」
・複座機で離陸して安定飛行に移った直後に「もうシートベルト外して大丈夫だからリラックスしてくれ。風防を開けると気持ちいいよ」→そこからおもむろに背面飛行

あとは電気ハーネス（制御信号用の電線の束）に針を突き刺して電気制御に不具合を発生させるとか？
おうる

まずプロペラピッチを最大にして急降下すれば、過回転に陥って簡単にエンジンが焼き付きます。
また、カウルフラップを閉めっぱなしにしてスロットル全開にすれば簡単にオーバーヒートしますが、閉めなくても全開を長時間続ければオーバーヒート確定ですね。
あとはわんけるさんの述べられてますけどミクスチャー弄ってガスをイジれば煙吹いてしまいにはエンストです。
あとはそうですね、機種にもよりますが燃料タンクをいずれか空っぽの状態でそのタンクからの燃料供給にすれば燃料がないので当然エンストします。
あと油圧系や電圧系もコクピットからは弄れるので色々面白そうなことはできると思います。
P-kun

何もせず、「発動機不調」を主張するのが一番でしょう。
ＢＵＮ

　色々なケースを答えていただきありがとうございました。
バツ