基本的にはおっしゃるとおりです。
陸軍機の基本塗装は全面灰緑色でしたが、キ44のために海軍機の塗粧様式（ガイメンアルクラッド無塗装、内面淡青色透明）が導入されています。
ただし、初期の試作機は全面灰緑色です。
http://www.warbirdphotographs.com/ArmyJB&W4/Ki-44-65-.jpg
http://www.warbirdphotographs.com/ArmyJB&W3/Ki-44-55.jpg
http://www.warbirdphotographs.com/ArmyJB&W4/Ki-44-67.jpg
http://www.warbirdphotographs.com/ArmyJB&W4/Ki-44-66.jpg

これを戦地に送る時点で迷彩塗装を施されています。（現地で応急的に、ということではありません）
片

×ガイメン　→　○外面
片

独飛47中隊の二式戦闘機は緑色迷彩ではないでしょうか。
ＢＵＮ

お二方とも早速の御回答、ありがとうございます。
ある日、とある模型店で独飛47中隊仕様のキ44試作機のプラモデルが売られており、「こんな塗装の機体があるんだなぁ」と思ったのが質問のきっかけでした。

＞片様
現地ではなく、戦地行きが決まった時点で迷彩が施されたのですね。
また、鍾馗というと無塗装または迷彩塗装というイメージでしたが、灰緑色の機体も存在していたとは初耳でした。まだまだ勉強不足ですね。

＞BUN様
仰る通り、確かに緑色迷彩も存在するようですし、私もそう思っていました。
ですが量産前に進出した試作機および増加試作機に関しては質問にあるような茶色迷彩だったようです。
ナカジマ

南方作戦用の迷彩は従来とは別に研究されていて、飛行第64戦隊の緑色迷彩の効果が航空技術研究所にまで報告されています。
59戦隊、64戦隊、47中隊は参謀本部の要求で新機種を装備した少し特別な部隊ですから、その中で進出の遅れた47中隊の二式戦が褐色塗装をするとはちょっと考えにくいものがあります。
ＢＵＮ