艦上機は車輪式の陸上機型の飛行機で、艦載機は浮舟式の水上機を差します。
浮舟式の水上機を載せる艦一般を呼ぶ時は搭載艦と呼びます。
これらは公文書上でちゃんと区別されていますが、当時でも混同して使用された例もあります。
ＢＵＮ

じむさん

旧海軍の法令において航空機の種別として定められてたのは「艦上飛行機（艦上機）」「陸上飛行機（陸上機）」「水上飛行機（水上機）」「飛行艇」「飛行船」及び「気球」で、「艦載機」と言う定義はありません。

一般用語としての「艦載機」「母艦機」というのは、旧海軍の公文書でも使用されていますが、殊更艦上機か水上機かの区別はしないのが普通です。　これは彼我両軍の航空機に対して言う場合でも同じです。

なお、水上機を搭載する艦船は「飛行機搭載艦」と言います。

艦船ファン

旧軍時代は明確に使い分けていたようですが、水上機を搭載している艦がなくなった現在では、総称として「艦載機」とすることが一般的になっているのではないでしょうか？
防衛白書でも、「空母艦載機」という使われ方をしております。
一方で、「艦上攻撃機」や「艦上戦闘機」など、個々の機種を現す場合には、従来同様に「艦上」を使っていますね。
また旧軍時代にはなかった回転翼機が、従来の水上機にかわり広く艦艇の搭載機として使われるようになり「艦載ヘリ」と言われるようになったのも、艦載機が一般用語として普及した原因の一つではないでしょうか？
（蛇足ですが、もし使い分けるとしたら、オスプレイは艦載機、艦上機のどちらになるんでしょう？）
ＰＡＮ

昭和初期の公文書でも「艦載機」「艦載飛行機」が一般的な言葉として使われていますし、大戦末期の海軍航空部隊の戦闘詳報にも「艦載機空襲」は平然と登場します。
歴史的に見て「艦載機」の普及度はそうたいして変化していないのではないかと思います。
片